「退職した元社員から、未払い残業代の請求書が届いた」「何年前の分まで払わなければならないのか」「時効が来るまで放っておけばよいのでは」。未払い残業代の請求は、どの会社にも起こり得るトラブルです。
未払い残業代の時効は、2020年4月以降に支払日が来た分については3年です。ただし、法律上の原則は5年で、3年は「当分の間」の経過措置にすぎません。また、時効は毎月の支払日ごとに進み、会社の対応しだいでリセットされることもあります。対応を誤ると、時効で消えるはずだった分まで払うことになりかねません。
この記事では、未払い残業代の時効の期間と起算日、時効が止まる・リセットされる行為、請求されたときの会社の初動と反論のポイント、遅延損害金・付加金、後から支払う場合の税金・社会保険料の扱い、他の従業員への波及と再発防止まで、社会保険労務士・弁護士が解説します。
- 未払い残業代の時効は、2020年4月1日以降に支払日が来た分は3年。法律上は5年で、3年は当分の間の経過措置。5年への移行時期は決まっていない。
- 時効は、本来の賃金支払日の翌日から月ごとに進む。毎月1か月分ずつ時効が完成していく。
- 会社が未払いを認める、一部だけ払う、支払いの猶予を求めるといった行為は「承認」に当たり、時効がリセットされることがある。
- 請求されたら、資料の保全、請求額の検証、反論できる点の整理を進める。無視すると労働審判や訴訟に進み、付加金や年14.6%の遅延損害金が加わることがある。
- 後から払う残業代は、本来の支払月の報酬として社会保険の届出を訂正するのが原則。1人の請求をきっかけに、全社の精算が必要になることも多い。
【野澤 惇 | 社会保険労務士】
社労士事務所altruloop／株式会社altruloopホールディングス 代表
人事労務DD（人事労務デューデリジェンス）・IPO準備の労務監査／労務是正を強みとする社会保険労務士。建設・介護・医療・IT・製造・飲食・小売・人材・不動産など多業種の労務顧問、就業規則作成、人事評価制度構築にも対応。
登録番号：13250298
【中内 康裕 | 弁護士】
法律事務所 sui/株式会社altruloopホールディングス
会社法務・知的財産・訴訟対応を中心に、スタートアップから事業者まで幅広く支援。アンダーソン・毛利・友常法律事務所、三村小松法律事務所を経て、特許庁商標課にて法務調査員（任期付公務員）を歴任。現在は文化服装学院 非常勤講師・知的財産管理技能検定 試験委員を務め、商標・ファッションロー分野の第一線で活動。『年報知的財産法』ほか共編著・寄稿多数。
第一東京弁護士会 所属 | 登録番号：58036
未払い残業代の時効は3年
2020年4月以降の支払分は3年、それより前は2年
残業代を含む賃金の請求権の時効は、2020年4月1日に施行された改正労働基準法で、2年から延長されました。2020年4月1日以降に支払日が来た賃金は3年、それより前に支払日が来た賃金は改正前の2年が適用されます。2020年3月以前の分はすでに2年が経過しているため、現在の実務では、ほぼすべての未払い残業代が3年で判断されます。
| 請求権の種類 | 時効 |
|---|---|
| 残業代（割増賃金）・基本給・手当・賞与・休業手当 | 3年（当分の間） |
| 退職金 | 5年 |
| 年次有給休暇の請求権 | 2年 |
法律上は5年で、当分の間は3年
改正後の労働基準法115条は、賃金の請求権の時効を5年と定めています。ただし附則で、当分の間は3年とする経過措置が置かれています。賃金台帳などの記録の保存期間（5年、当分の間は3年）に合わせ、企業の負担が急に増えないようにするための措置です。
5年になるのはいつか
改正法には、施行から5年が経過した後に状況を検討し、必要があれば見直す規定があります。施行から5年を迎えた2025年には、日本弁護士連合会が経過措置の速やかな撤廃を求める会長声明を公表しました。
将来5年に延びた場合に備えて、勤怠や賃金の記録は5年分を保存しておくのが安全です。
付加金の請求期間・記録の保存期間も3年
裁判で未払い額と同じ額まで命じられることがある付加金の請求期間も、5年（当分の間は3年）です。付加金の期間は、内容証明による請求では止まらないと考えられています。賃金台帳や出勤簿などの保存期間も、同じく5年（当分の間は3年）です。
時効の起算日と数え方
起算日は本来の賃金支払日の翌日
残業代の時効は、残業をした日ではなく、その残業代が本来支払われるべきだった給料日の翌日から数えます。毎月の給料日ごとに時効が進むため、未払いが何か月分もある場合は、古い月の分から順に時効が完成していきます。
カレンダーで見る「いつの分まで請求されるか」
毎月25日払いの会社で、2026年11月1日に請求書が届いた場合を考えます。
| 本来の支払日 | 時効が完成する日 | 2026年11月1日の請求の対象か |
|---|---|---|
| 2023年10月25日 | 2026年10月25日 | 対象外（時効完成済み） |
| 2023年11月25日 | 2026年11月25日 | 対象 |
| 2023年12月25日 | 2026年12月25日 | 対象 |
| … | … | … |
| 2026年10月25日 | 2029年10月25日 | 対象 |
この例では、2023年11月25日払いの分から直近までの約3年分が請求の対象になります。請求を受けた後も、時効を止める手続きがとられなければ、毎月1か月分ずつ請求できる範囲が縮んでいきます。
退職者の場合
退職したかどうかは、時効の進み方に影響しません。退職後でも、時効が完成していない分は請求されます。退職の際に会社が「未払いはない」と確認する書面を取っていても、本人が未払いを知らずに署名した場合などは、請求できなくなるとは限りません。
時効が止まる・リセットされる行為
2020年4月の民法改正で、時効の「中断」「停止」は、「完成猶予（一時的に止まる）」と「更新（リセットされる）」に整理されました。会社として特に注意すべきなのは、会社自身の行為で時効がリセットされてしまうケースです。
| 行為 | 誰の行為か | 時効への影響 |
|---|---|---|
| 内容証明郵便などによる請求（催告） | 従業員 | 6か月間、時効の完成が猶予される（1回のみ） |
| 労働審判・訴訟の申立て | 従業員 | 手続き中は完成が猶予され、判決や和解で権利が確定すると更新される |
| 未払いを認める、一部を支払う、支払いの猶予を求める（承認） | 会社 | その時点で時効が更新（リセット）される |
| 協議を行う旨の書面での合意 | 双方 | 一定期間、完成が猶予される |
従業員側の請求で止まる
従業員が内容証明郵便などで請求すると、その時点から6か月間、時効の完成が猶予されます。この間に労働審判や訴訟が申し立てられると、手続きが終わるまで時効は止まり続けます。
会社の「承認」で時効がリセットされる
次のような会社の行為は、未払いがあることを認めた「承認」に当たり、時効が更新されることがあります。
- 「確かに残業代の未払いがありました」とメールや書面で認める
- 請求された未払い額の一部だけを先に支払う
- 「支払いを少し待ってほしい」「分割にしてほしい」と申し入れる
承認によって時効が更新されると、すでに完成間近だった古い月の分も、そこから改めて時効が数え直されます。請求への最初の回答で、事実関係を確認する前に未払いを認める表現を使わないことが重要です。回答書は、弁護士に確認してから出すのが安全です。
時効は「援用」しないと効果がない
時効期間が過ぎても、会社が「時効を援用する」と相手に伝えなければ、時効による消滅の効果は生じません。時効が完成している分については、回答書の中で援用する旨をはっきり示します。ただし、会社が支払いを約束して請求を控えさせていたなどの事情がある場合は、時効の援用が信義則に反して認められないこともあります。
弁護士 中内 康裕請求書が届いた直後に、担当者が『申し訳ない、確認して払います』と返信してしまう例は少なくありません。誠実な対応のつもりでも、未払いを認めたと受け取られれば時効が更新され、古い月の分まで払う必要が出てきます。最初の回答は、事実確認中であることだけを伝え、内容は専門家と詰めてから出してください。
未払い残業代を請求されたときの会社の対応
①請求書面の内容と期限を確認する
誰から（本人か代理人弁護士か、労働組合か）、いつの期間について、いくら請求されているか、回答期限はいつかを確認します。期限内に回答の準備が難しい場合は、事実確認中であることを伝えて期限の延長を求めます。このとき、未払いを認める表現は使いません。
②勤怠・賃金台帳・PCログなどの資料を保全する
タイムカードや勤怠システムの記録、賃金台帳、給与明細、残業の申請・承認の記録、PCのログイン・ログオフの記録、入退館記録、業務日報などを集め、消去や改変が起きないよう保全します。会社には労働時間を適正に把握する義務があり、記録がないことは会社にとって不利に働くのが一般的です。
③請求額が正しいか計算し直す
請求額は、従業員側の記録や推計で計算されていることが多く、実際の労働時間や賃金の計算の基礎とずれている場合があります。勤怠の記録をもとに、日ごと・月ごとに残業時間と割増賃金を計算し直します。割増賃金の基礎から除外できる手当の扱い、休憩時間、法定休日と所定休日の区別などで、金額が大きく変わることがあります。
④反論できる点を整理する
時効、実際の労働時間、管理監督者に当たるか、固定残業代が有効かなど、反論できる点を整理します（次の見出しで詳しく解説します）。
⑤交渉・和解か、労働審判・訴訟か
計算と反論の整理ができたら、会社としての回答をまとめ、交渉で和解を目指すか、労働審判や訴訟に進むかを判断します。請求額が会社の試算と大きくかけ離れている場合は、根拠を示して反論します。一方で、未払いがあることが明らかな場合は、早期に和解するほうが、遅延損害金や付加金、弁護士費用を抑えられます。代理人として交渉できるのは弁護士で、社労士は勤怠の分析や残業代の計算、社会保険の手続きで支援します。
退職したエンジニアから、約3年分の未払い残業代の請求を受けた会社から相談を受けました。勤怠の記録とPCのログを突き合わせて計算し直したところ、請求額より少ないものの未払いがあることが分かり、弁護士を通じて和解しました。同じ働き方の在職者にも未払いが見つかったため、対象者と期間を決めて自主的に精算し、勤怠の打刻ルールと残業の承認の流れを見直しています。
会社が反論できるポイント・認められにくい反論
反論できるポイント
| 反論 | 認められるための条件 |
|---|---|
| 時効が完成している | 本来の支払日から3年が経過し、承認などの更新事由がない。会社が援用する |
| 実際には働いていない時間がある | 休憩や私用の時間だったことを、記録や具体的な事実で示せる |
| 残業を禁止していた | 残業の禁止を明確に命じ、残った業務は管理職に引き継ぐなど、実際に徹底していた |
| 管理監督者に当たる | 経営と一体的な立場、労働時間の裁量、ふさわしい待遇の3つが実態としてそろっている |
| 固定残業代で支払い済み | 固定残業代の定めが有効で、超過分も精算している |
認められにくい反論
- 「残業を指示していない」：会社が残業を知りながら止めていなければ、黙示の指示があったとされるのが一般的
- 「本人が残業代はいらないと言っていた」「納得していた」：残業代の支払いは法律上の義務で、本人の同意で免れることはできない
- 「管理職だから残業代は出ない」：肩書きが管理職でも、実態が管理監督者に当たらなければ残業代が必要（名ばかり管理職）
- 「固定残業代を払っている」：定めが無効と判断されると、支払済みと認められないうえ、計算の基礎まで上がる
- 「年俸制だから」「歩合給だから」：給与の形にかかわらず、法定労働時間を超えれば割増賃金が必要
固定残業代が無効になるケースと、そのときの未払い額の試算は固定残業代（みなし残業代）とはで解説しています。
支払う場合の金額（遅延損害金・付加金）
遅延損害金
| 対象 | 利率 | 根拠 |
|---|---|---|
| 在職中の従業員 | 年3%（法定利率） | 民法 |
| 退職した従業員（退職日の翌日以降） | 年14.6% | 賃金の支払の確保等に関する法律6条 |
退職者の未払い賃金にかかる年14.6%の利率は非常に高く、支払いが遅れるほど負担が膨らみます。ただし、支払いが遅れていることについて、裁判で合理的な理由をもって争っている場合などは、この利率が適用されないことがあります。
付加金
裁判では、未払いの割増賃金と同じ額まで、付加金の支払いを命じられることがあります（労働基準法114条）。つまり、最大で未払い額の2倍を支払うことになります。付加金は裁判所が命じるものなので、交渉や労働審判の段階で和解すれば発生しません。裁判になった場合も、判決の前に未払い分を支払えば、付加金は命じられないとされています。
試算例：月20時間の未払いが3年分ある場合
- 月給30万円（割増賃金の基礎）、月平均所定労働時間約163.3時間
- 1時間あたりの賃金：30万円 ÷ 163.3時間 ＝ 約1,837円
- 月の未払い額：約1,837円 × 1.25 × 20時間 ＝ 約4万5,900円
| 項目 | 金額（1人あたり） |
|---|---|
| 3年分の未払い残業代（36か月） | 約165万円 |
| 付加金（裁判で最大） | 最大約165万円 |
| 遅延損害金（退職者は年14.6%） | 別途 |
同じ働き方の従業員が10人いれば、未払い残業代だけで約1,650万円になります。M&Aや上場準備の労務DDで、未払い残業代が最大の簿外債務として扱われるのはこのためです。
後から支払う場合の税金・社会保険料・労働保険料
社会保険料（健康保険・厚生年金保険）
さかのぼって支払う残業代は、本来支払われるべきだった各月の報酬として扱い、算定基礎届や月額変更届などを訂正するのが原則です。日本年金機構の疑義照会の回答でも、労働基準監督署の是正勧告によって時間外手当をさかのぼって支払う場合は、各月の支給額を確認したうえで算定基礎届などの訂正が必要とされています。各月の支給額を算出することが難しく、一時金として支払う場合は、賞与支払届を提出する扱いとされています。
訂正によって標準報酬月額が上がると、過去の期間の社会保険料を会社と従業員の双方が追加で負担することになります。従業員の負担分をどう徴収するかも、事前に本人と調整しておく必要があります。
労働保険料（労災保険・雇用保険）
さかのぼって支払う残業代も賃金に当たるため、労働保険料の計算の基礎になります。過去の年度の賃金総額が変わる場合は、年度更新の申告の修正が必要になることがあります。雇用保険料の従業員負担分は、支払う残業代から控除します。
所得税・住民税
残業代は給与所得です。原則として本来の支払日の属する年の給与として扱われるため、過去の年分にかかる場合は、源泉徴収票の再発行や年末調整のやり直しが必要になることがあります。
具体的な処理は、顧問の税理士に確認しておくと安全です。
「和解金」「解決金」の名目で支払う場合の注意
和解の際に「解決金」などの名目で支払うこともありますが、名目にかかわらず、実態が未払いの残業代であれば賃金として扱われる可能性があります。名目と内訳を和解書にどう書くかで、税金と社会保険の処理が変わるため、和解書の作成段階で社労士・税理士・弁護士が連携して確認するのが望ましい対応です。
1人の請求が全社に広がるリスクと、自主是正の進め方
他の従業員への波及
1人の請求で未払いが明らかになった場合、同じ働き方をしている他の従業員にも、同じ未払いがあると考えるのが自然です。在職者が同僚の請求を知って続けて請求する、退職者が次々に請求するといった形で、請求が広がることがあります。
労働基準監督署の調査・是正勧告
従業員が労働基準監督署に申告すると、調査が行われ、未払いが確認されれば是正勧告を受けます。是正勧告では、対象となる従業員について、一定期間さかのぼって未払い分を計算し、支払うよう指導されるのが一般的です。是正報告書の書き方は是正報告書の書き方と提出期限、調査で確認される項目は労働基準監督署の調査では何を見られるのかで解説しています。
自主的に精算する場合の進め方
- 対象者と期間を決める：同じ勤怠ルール・賃金体系の従業員を洗い出し、時効の範囲内で対象期間を決める
- 計算方法を統一する：勤怠の記録やPCのログなど、根拠となる記録と計算方法を全員でそろえる
- 説明と合意：従業員に経緯と計算方法を説明し、支払額を書面で通知する
- 社会保険・税金の手続き：前の見出しのとおり、届出の訂正や源泉徴収の処理を行う
自主的な精算は、それ自体が未払いの存在を認める行為になります。どの範囲で精算するかは、時効の扱いも含めて、事前に弁護士・社労士と方針を決めてから進めます。
再発を防ぐ仕組み
| 仕組み | 詳細 |
|---|---|
| 客観的な勤怠管理 | タイムカードや勤怠システムで出退勤を記録し、PCのログとの乖離を定期的に確認する |
| 残業の申請・承認 | 残業は事前申請・承認制にし、承認のない残業を放置しない |
| 固定残業代の見直し | 有効要件を満たしているか、超過分を毎月精算しているかを確認する |
| 管理監督者の範囲の見直し | 肩書きではなく実態で判断し、当たらない人には残業代を支払う |
| 36協定と上限管理 | 36協定を正しく結び、上限を超えない管理を行う |
M&A・IPOの労務DDでは最大の簿外債務になる
未払い残業代は、決算書に載らない簿外債務として、M&Aや上場準備の労務DDで最も重視される項目です。DDでは、勤怠の記録と賃金台帳、PCのログを突き合わせ、対象者数と未払いの時間から金額を推計します。
売り手や上場準備企業が事前に自社で点検し、是正しておけば、買収価格の減額や上場スケジュールの遅れを防げます。
労務DDの進め方は労務DD（デューデリジェンス）とはで解説しています。
よくある質問
退職した元従業員から請求が来たら、どうすればよいですか？
在職者と同じく、資料を保全して請求額を検証し、反論できる点を整理します。退職者の未払い賃金には年14.6%の遅延損害金がかかるため、未払いが明らかな場合は早めに和解する方が負担を抑えられます。最初の回答で未払いを認める表現を使わないよう注意が必要です。
労働基準監督署から連絡が来たら、どうすればよいですか？
調査の日程と準備する資料を確認し、勤怠の記録・賃金台帳・36協定などを準備します。調査を拒んだり、記録を改ざんしたりすることは、罰則の対象になり得ます。是正勧告を受けた場合は、期限までに是正し、是正報告書を提出します。
タイムカードがない場合はどうなりますか？
会社には労働時間を適正に把握する義務があるため、記録がないことは会社にとって不利に働くのが一般的です。従業員側のメモやメールの送信時刻、PCのログなどから労働時間が推計され、それが認められることもあります。
請求を無視するとどうなりますか？
労働審判や訴訟を申し立てられ、手続きの中で対応せざるを得なくなります。訴訟になれば付加金を命じられる可能性があり、退職者の場合は年14.6%の遅延損害金も膨らみます。無視は最も負担の大きい対応です。
まとめ
- 未払い残業代の時効は、2020年4月以降の支払分は3年。法律上は5年で、5年への移行時期は決まっていない。
- 時効は本来の支払日の翌日から月ごとに進む。会社が未払いを認める、一部を払うといった行為で時効がリセットされることがある。
- 請求されたら、資料の保全、請求額の検証、反論の整理を行う。最初の回答で未払いを認めない。
- 退職者には年14.6%の遅延損害金、裁判では最大同額の付加金がかかる。早期の和解で負担を抑えられることが多い。
- 後から払う残業代は、本来の支払月の報酬として社会保険の届出を訂正する。1人の請求をきっかけに全社を点検し、再発を防ぐ仕組みを整える。
社労士事務所altruloopでは、勤怠の記録をもとにした未払い残業代の試算、社会保険・労働保険の訂正の手続き、全社の自主精算の進め方の整理から、勤怠管理と賃金制度の見直しまで対応し、請求への回答や交渉はグループの弁護士と連携して進めます。
