年末調整の徹底ガイド！担当者が押さえるべき手続き・効率化・注意点のすべて

年末調整の時期が近づくと、多くの経営者様や人事・労務担当者様が頭を悩ませるのではないでしょうか。毎年のようにある制度変更、煩雑な書類準備、迫りくる期限…。私たち社労士事務所altruloop（アルトゥルループ）にも、この時期多くのご相談が寄せられます。本記事では、2025年（令和7年）の年末調整について、基礎知識から最新の法改正情報、中小企業が陥りがちなミスとその対策、さらには業務効率化のポイントまで、人事労務の専門家である社労士が、経営者様および人事・労務担当者様の視点に立って分かりやすく解説します。この記事を通じて、年末調整業務への不安を解消し、スムーズな対応を実現するための一助となれば幸いです。

そもそも年末調整とは？

年末調整は毎年行われる重要な手続きですが、その基本的な仕組みや目的を正確に理解しておくことが、適切な事務処理への第一歩です。ここでは、年末調整の基本について再確認しましょう。

年末調整の目的と重要性

年末調整の主な目的は、従業員が1年間に得た給与・賞与から源泉徴収された所得税額と、その年の正しい所得税額（年税額）との間に生じた過不足を精算することです。 毎月の給与から天引きされる所得税は概算であるため、年末に各種控除などを反映して正確な税額を算出し直し、差額を還付または追加徴収します。  

この手続きは、従業員一人ひとりの税負担を適正化するだけでなく、企業にとっては所得税法に定められた給与支払者の義務でもあります。 正確な年末調整は、企業のコンプライアンス遵守を示す上で非常に重要です。また、年末調整の結果は翌年度の住民税額の算定基礎ともなるため、その正確性は従業員の将来の税負担にも影響します。 このように、年末調整は単なる事務作業ではなく、従業員の生活や企業の信頼性に関わる重要な業務なのです。  

年末調整の対象となる人・ならない人の条件

原則として、年末調整の対象となるのは、勤務先に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出している従業員です。  

一方で、以下のようなケースに該当する人は、原則として年末調整の対象とはなりません。

これらの条件を正確に把握し、対象となる従業員を正しく見極めることが、年末調整業務の第一歩となります。特に、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の提出状況は、年末調整の対象者を見極める上で基本的な確認事項です。中小企業においては、パートタイム従業員など多様な働き方が存在するため、この申告書の回収と管理が特に重要になります。

正社員・パート・アルバイトの年末調整の扱いの違い

年末調整の基本的な扱いは、正社員、パートタイマー、アルバイトといった雇用形態によって変わるものではありません。給与所得者であり、前述の年末調整の対象となる条件を満たしていれば、同様に年末調整が行われます。  

主な違いが生じるのは、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」をどの勤務先に提出しているかという点です。複数の勤務先がある場合、従業員はこの申告書を主たる給与の支払を受けている1社にのみ提出します。その申告書を提出された勤務先が年末調整を行います。 したがって、パートやアルバイトであっても、その勤務先を主たる勤務先として申告書を提出していれば、年末調整の対象となります。  

ただし、パートやアルバイトで年収が低い場合、例えば所得控除（基礎控除、給与所得控除など）を差し引いた結果、所得税が非課税となる場合は、年末調整が実質的に不要となることもあります。2025年（令和7年）からは、いわゆる「103万円の壁」が「123万円の壁」に変わるため、この点も考慮が必要です。 複数の勤務先がある従業員については、主たる勤務先で年末調整を行った上で、従たる勤務先の所得と合算して確定申告が必要になるケースが多いことも理解しておく必要があります。  

中小企業では多様な雇用形態の従業員が在籍していることが多いため、各従業員がどの勤務先で年末調整を受けるのか、申告書の提出状況を正確に把握することが、誤処理を防ぎ、従業員の混乱を避ける上で重要です。

年の途中で退職・就職した従業員の年末調整

年の途中で従業員が退職したり、新たに入社したりした場合の年末調整の扱いは以下の通りです。

年の途中で退職した従業員（中途退職者）
原則として、年の途中で退職した従業員については、退職時に年末調整は行いません。 企業は退職日までの給与に基づいて源泉徴収票を作成し、本人に交付します。 退職者は、その源泉徴収票をもとに、自身で確定申告を行うか、年内に再就職した場合は新しい勤務先で前職分も含めて年末調整を受けることになります。 ただし、例外的に企業が年末調整を行うケースもあります。例えば、12月中に支払うべき給与等の支払を受けた後に退職した人、死亡により退職した人、著しい心身の障害のために退職した人で年内の再就職が困難と見込まれる人、パートタイマーなどで年間の給与総額が103万円以下の人（2025年以降は123万円以下を目安とすべきでしょう）などです。  

年の途中で就職した従業員（中途就職者）
その年の12月31日時点で在籍していれば、年末調整の対象となります。この際、その従業員が年内に他の勤務先から給与の支払いを受けていた場合には、前職（またはそれ以前の職全て）の源泉徴収票を提出してもらう必要があります。 提出された源泉徴収票の情報と、現職での給与情報を合算して年末調整を行います。これにより、その年の所得税が正しく計算されます。 前職の源泉徴収票の提出がないと、現職の給与のみで年末調整を行うことになり、所得税の計算が不正確になるため、企業は中途採用者に対して、入社時に前職の源泉徴収票の提出を漏れなく促すことが重要です。この書類の回収が遅れると、年末調整の処理全体に影響を及ぼす可能性があるため、早期の対応が求められます。  

年末調整の主な流れとスケジュール感

年末調整業務は、企業にとって年に一度の大きな事務作業であり、計画的な進行が不可欠です。一般的な流れとスケジュール感は以下の通りです。

• 10月～11月初旬：準備・アナウンス期間
  • 企業は年末調整の準備を開始します。最新の税制改正情報を確認し、社内スケジュールを策定します。
  • 従業員に対して、年末調整の実施、目的、おおまかなスケジュール、提出が必要な書類（「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」、「給与所得者の保険料控除申告書」など）についてアナウンスを行います。  
  • 各種申告書類を従業員に配布します。
• 11月中旬～12月初旬：書類回収・チェック期間
  • 従業員から記入済みの申告書類と、生命保険料控除証明書や住宅ローン残高証明書などの添付書類を回収します。 企業は社内での提出期限を設定することが一般的です。  
  • 回収した書類の内容に不備がないか（記入漏れ、押印漏れ、添付書類の不足など）をチェックします。
• 12月中：計算・調整期間
  • 提出された申告内容に基づき、各従業員の年間の所得税額（年税額）を計算します。  
  • 年税額と、それまでに源泉徴収した税額との過不足額を算出します。
• 12月の最終給与支払時または翌年1月：精算
  • 算出した過不足額を、通常12月の最終給与支払い時に精算します。税金の還付または追加徴収が行われます。  
• 翌年1月10日（納期の特例を受けている場合は1月20日）：源泉所得税の納付
  • 年末調整の結果、確定した所得税額を税務署に納付します。  
• 翌年1月31日：法定調書等の提出・源泉徴収票の交付
  • 「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」や各従業員の「給与所得の源泉徴収票」を税務署に提出します。
  • 「給与支払報告書（個人別明細書・総括表）」を各従業員の居住する市区町村に提出します。  
  • 従業員には「給与所得の源泉徴収票」を交付します。

このスケジュールはあくまで目安であり、企業の規模や状況によって調整が必要です。特に中小企業では、限られた人員で対応するため、早期からの準備と従業員への明確な指示、協力依頼がスムーズな進行の鍵となります。

【2025年（令和7年）最新情報】年末調整の主な変更点と企業が注意すべきポイント

2025年（令和7年）の年末調整においては、いくつかの重要な税制改正が影響します。これらの変更点を正確に理解し、適切に対応することが、経営者様および人事・労務担当者様には求められます。特に、定額減税の調整や各種控除制度の改正は、計算実務や従業員への説明に大きく関わってきます。

2025年施行の税制改正と年末調整への影響

令和7年度税制改正大綱に基づき、個人の所得税負担の軽減や特定層への支援を目的とした複数の改正が行われます。 これらの改正は、原則として令和7年12月1日に施行され、令和7年分以後の所得税について適用されるため、令和7年12月に行う年末調整から実務上の変更が生じます。  

国税庁からは、これらの改正に関するFAQが令和7年5月末頃、新しい申告書の様式などが令和7年6月末頃、年末調整の詳しい事務内容については令和7年8月末頃から順次情報提供される予定です。 企業としては、これらの公式情報を注視しつつ、早期に改正の概要を把握し、システム対応や従業員への周知準備を進めることが重要です。本記事が、その準備の一助となることを目指しています。  

定額減税の年末調整における調整について（該当する場合）

令和6年分の所得税について実施された定額減税（納税者本人3万円、同一生計配偶者および扶養親族1人につき3万円）は、令和6年6月以降の月次減税で控除しきれなかった場合、令和6年分の年末調整で精算（年調減税）されます。  

この年調減税の結果は、源泉徴収票の摘要欄に「年調減税額」や「控除外額（年調所得税額から控除しきれなかった定額減税額）」として記載する必要があります。  

さらに重要なのは、この情報が翌年度の住民税計算に影響する点です。令和7年度（2025年度）の給与支払報告書（令和7年1月提出）の摘要欄には、「源泉徴収時所得税減税控除済額」「控除外額」に加え、合計所得金額が1,000万円超の納税義務者で、同一生計配偶者（控除対象配偶者ではない）の分の定額減税がある場合には「非控除対象配偶者減税有」といった事項を記載する必要があります。 これらの記載が漏れると、従業員が本来受けられるべき追加給付や住民税からの減税が受けられないリスクが生じるため、正確な記載が強く求められます。  

この定額減税の処理は、月次での管理、年末調整での正確な計算、そして翌年の給与支払報告書への適切な情報連携という一連の流れを伴います。特に給与支払報告書の摘要欄への記載は、従業員の翌年度の住民税額に直接影響するため、 payroll システムがこれらの情報を正確に出力できるか、または手作業での転記が必要な場合はそのチェック体制をどうするか、といった点が実務上の課題となり得ます。「非控除対象配偶者減税有」のケースは特に見落としやすいため、制度の細部まで理解しておくことが肝要です。

令和7年分 自体 の所得税に関する定額減税については、本記事執筆時点では詳細が未確定な部分が多いため、今後の政府発表や国税庁からの情報を注視する必要があります。もし継続または新たな形で実施される場合は、同様の注意深い対応が求められるでしょう。

各種控除制度の変更点と実務への影響

2025年（令和7年）の年末調整に影響する主な控除制度の変更点は以下の通りです。これらの変更は、従業員の税負担に直接影響し、企業の年末調整実務にも対応が求められます。

• 基礎控除の引上げ： 合計所得金額が2,350万円以下の納税者本人の基礎控除額が、現行の48万円から原則として58万円に引き上げられます。 これにより、多くの従業員の課税所得が減少し、税負担が軽減されます。給与計算システムの設定変更や、従業員への周知が必要です。  
• 給与所得控除の最低保障額引上げ： 給与所得控除の最低保障額（給与収入が162.5万円までの場合に適用）が、現行の55万円から65万円に引き上げられます。 この結果、基礎控除（58万円）と合わせると、いわゆる「103万円の壁」が「123万円の壁」に変わります。 これは、パートタイムで働く配偶者などの働き方や、扶養控除の判定に大きな影響を与える可能性があります。  
• 特定親族特別控除の創設： 新たに、年齢19歳以上23歳未満の特定扶養親族（大学生など）で、その親族の合計所得金額が一定額（例：123万円）以下である場合に適用される「特定親族特別控除」が創設されます。控除額は、その特定親族の合計所得金額に応じて変動し、最大で63万円（例：親族の合計所得金額が58万円超123万円以下の場合）となります。 この控除を受けるためには、従業員からの申告（「給与所得者の特定親族特別控除申告書」の提出）が必要となり、企業側では新たな申告書の管理と扶養親族の所得確認が一層重要になります。  
• ひとり親控除の拡充（予定）： ひとり親控除の所得要件が現行の合計所得金額500万円以下から1,000万円以下に緩和され、所得税の控除額も現行の35万円から38万円に、住民税の控除額は30万円から33万円にそれぞれ引き上げられる予定です。 これにより、対象となるひとり親の範囲が広がり、税負担が軽減されます。  
• 生命保険料控除の拡充（予定）： 23歳未満の扶養親族がいる場合に限り、2012年（平成24年）1月1日以後に契約した新制度の一般生命保険料控除の適用限度額が、現行の4万円から6万円に引き上げられる予定です（一般生命保険料、介護医療保険料、個人年金保険料の合計適用限度額12万円に変更はない見込み）。 該当する従業員は控除額が増加するため、申告書と控除証明書の確認が重要です。  
• 扶養親族等の所得要件の改正： 基礎控除額の引上げなどに伴い、扶養控除や配偶者控除の対象となる扶養親族や同一生計配偶者の合計所得金額要件が、現行の48万円以下から58万円以下に改正されます。また、勤労学生控除の対象となる勤労学生の合計所得金額要件も、現行の75万円以下から85万円以下に引き上げられます。 これらの変更は、扶養控除の対象者判定に直接影響するため、従業員への正確な情報提供が不可欠です。  

これらの改正は、従業員の税負担を軽減する一方で、年末調整の計算や確認作業をより複雑にする可能性があります。特に「123万円の壁」への変更や「特定親族特別控除」の新設は、従業員からの問い合わせ増加も予想されるため、人事・労務担当者はこれらの内容を正確に理解し、分かりやすく説明できるように準備しておく必要があります。この複雑性の増加は、中小企業にとって専門家サポートの価値を一層高める要因とも言えるでしょう。

2025年（令和7年）年末調整 主な変更点まとめ

項目	2024年まで (参考)	2025年 (令和7年) から	備考
基礎控除	48万円 (合計所得金額2400万円以下の場合)	原則58万円 (合計所得金額2350万円以下の場合。所得に応じ段階的に加算あり、最大95万円 (合計所得132万円以下の場合) )	所得制限の区分に変更あり。国税庁資料 が詳細。
給与所得控除	最低保障額55万円	最低保障額65万円
いわゆる「103万円の壁」	103万円	「123万円の壁」に (基礎控除58万円 + 給与所得控除65万円)	配偶者等の働き方に影響。
特定親族特別控除 (新設)	なし	19歳以上23歳未満の特定扶養親族で、合計所得金額が123万円以下の者を対象に、所得に応じ最大63万円控除 (例:合計所得58万円超123万円以下で63万円)	新しい申告書「給与所得者の特定親族特別控除申告書」の提出が必要 。
ひとり親控除 (拡充予定)	所得要件500万円以下、控除額 所得税35万円/住民税30万円	所得要件1000万円以下に緩和（予定）、控除額 所得税38万円/住民税33万円に増額（予定）	子の所得要件も基礎控除改正に伴い変更 。
生命保険料控除 (拡充予定)	新一般生命保険料控除 上限4万円	23歳未満の扶養親族がいる場合、新一般生命保険料控除の上限6万円に増額（予定）	全体の控除上限12万円は変更なし（予定）。
定額減税の報告	–	令和7年度給与支払報告書の摘要欄に、令和6年分の定額減税に関する控除済額・控除外額、非控除対象配偶者減税有無の記載が必要	令和6年分の定額減税の精算・報告に関連。
扶養親族等の所得要件	合計所得金額48万円以下 (例:扶養親族)	合計所得金額58万円以下に改正 (例:扶養親族)	勤労学生の所得要件も75万円以下から85万円以下へ。

マイナンバーの取り扱いに関する再確認事項

年末調整手続きにおいて、マイナンバー（個人番号）の適切な取り扱いは非常に重要です。企業は、従業員本人だけでなく、控除対象となる配偶者や扶養親族のマイナンバーも、法令に基づいて収集・管理する必要があります。

確認事項	詳細
収集時のルール	マイナンバーを収集する際は、利用目的（年末調整手続きのためなど）を本人に明示し、厳格な本人確認（番号確認と身元確認）を行わなければなりません。
書類への記載	「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」など、法令で定められた書類には、従業員本人および該当する親族のマイナンバーを正確に記載する必要があります。
従業員への提供依頼	収集したマイナンバーは、漏洩、滅失、毀損の防止その他の安全管理のために必要かつ適切な措置を講じて保管しなければなりません。アクセスできる担当者を限定し、不要になったマイナンバーは速やかに、かつ安全な方法で廃棄する必要があります。 なお、源泉徴収簿や所得税徴収高計算書（納付書）にはマイナンバーの記載は不要です。
保管・管理	収集したマイナンバーは、漏洩、滅失、毀損の防止その他の安全管理のために必要かつ適切な措置を講じて保管しなければなりません。アクセスできる担当者を限定し、不要になったマイナンバーは速やかに、かつ安全な方法で廃棄する必要があります。 なお、源泉徴収簿や所得税徴収高計算書（納付書）にはマイナンバーの記載は不要です。
扶養親族の本人確認	従業員から提出される扶養控除等申告書に記載された扶養親族等のマイナンバーについては、その従業員自身が本人確認を行うことになります。企業が直接、扶養親族の本人確認を行う必要はありません。
外部委託時の注意点	年末調整業務を外部に委託する場合でも、マイナンバーの取り扱いに関する委託先の監督責任は企業にあります。委託先が適切な安全管理措置を講じているか確認し、契約内容を明確に定めることが重要です。

マイナンバー制度は、適正な課税や社会保障の実現に不可欠なものですが、その取り扱いを誤ると法的な罰則のリスクも伴います。中小企業においては、マイナンバーの収集から保管、廃棄に至るまでのプロセス全体で、適切な管理体制を構築・維持することが求められます。不明な点があれば、専門家への相談も有効な手段です。

年末調整で「やってしまいがち」なミスとその具体的な防止策

年末調整は複雑な手続きであり、特にリソースが限られる中小企業では、意図せずミスが発生しやすい傾向があります。ここでは、中小企業が年末調整で陥りがちな代表的なミスと、その具体的な防止策について解説します。これらのミスは、税務上の問題だけでなく、従業員の不信感にも繋がりかねないため、事前の対策が重要です。

ミス事例1：控除申告書のチェック漏れと確認のポイント

よくあるミス： 従業員から提出された「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」や「給与所得者の保険料控除申告書」などの記載内容チェックが不十分で、記入漏れ、押印漏れ、計算誤り、必要書類の添付漏れなどを見逃してしまうケースです。 例えば、16歳未満の扶養親族の記載が扶養控除申告書になかったり、給与天引き以外の社会保険料（国民健康保険料など）の支払いを申告し忘れたりする従業員のミスを経理担当者が見逃すことがあります。  

これらの基本的な確認作業を徹底することで、後々の手戻りや計算誤りを大幅に減らすことができます。

ミス事例2：扶養親族等の情報の誤認と正しい確認方法

よくあるミス： 扶養控除や配偶者控除（配偶者特別控除を含む）の対象となる親族の条件を誤って解釈し、控除対象外の親族を申告したり、逆に控除可能な親族を申告し忘れたりするケースです。 例えば、配偶者の年間合計所得金額が基準額（例：令和6年分までは48万円、令和7年分からは58万円）を超えているにもかかわらず配偶者控除を申告したり、「生計を一にする」の解釈を誤り別居の親族を対象外としたりするケースが見られます。

扶養控除や配偶者控除は税額に大きく影響するため、正確な情報の把握と申告が求められます。特に2025年の改正は影響が大きいため、企業側からの丁寧な情報提供が従業員の誤りを防ぐ鍵となります。

ミス事例3：各種保険料控除の計算ミスと添付書類の不備

よくあるミス： 生命保険料控除、地震保険料控除、社会保険料控除（国民年金保険料など従業員が直接支払ったもの）、小規模企業共済等掛金控除などの計算を誤ったり、必要な控除証明書の添付を忘れたり、証明書の内容と申告額が一致しなかったりするケースです。  

保険料控除は種類が多く、計算も複雑になりがちです。企業側でチェック体制を整えると共に、従業員自身が正しく申告できるようサポートすることが重要です。

ミス事例4：住宅ローン控除の適用誤りと必要書類

よくあるミス： 住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）の適用を誤るケースです。特に多いのが、控除適用2年目以降の年末調整での申告漏れや、必要書類（税務署から送付される「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」と金融機関発行の「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」）の提出漏れ・不備です。 また、控除適用初年度は年末調整では対応できず、従業員本人が確定申告を行う必要があることを知らずに、年末調整で申告しようとするケースも見られます。  

住宅ローン控除は控除額が大きく、従業員の関心も高いため、企業として正確な情報提供と手続きのサポートを行うことが求められます。

ミス事例5：期限間際の対応による計算・納付遅延リスクと対策

よくあるミス： 年末調整の準備不足や従業員からの書類提出の遅れにより、チェックや計算作業が期限間際に集中し、焦りから計算ミスや確認漏れが発生しやすくなるケースです。最悪の場合、源泉所得税の納付遅延や法定調書の提出遅延に繋がり、延滞税や加算税といったペナルティが発生するリスクも伴います。

 

年末調整は期限の定められた業務です。計画性の欠如や準備不足は、ミスを誘発し、最終的に企業のリスクに繋がります。早期からの準備と、従業員との円滑なコミュニケーションが、スムーズで正確な年末調整の鍵となります。

年末調整業務を劇的に効率化する3つのステップ

年末調整業務は、人事・労務担当者にとって年間で最も繁忙な時期の一つです。しかし、いくつかの工夫と準備によって、その負担を大幅に軽減し、業務を効率化することが可能です。ここでは、中小企業でも実践しやすい3つのステップに分けて、具体的なテクニックをご紹介します。これらの取り組みは、単に時間を短縮するだけでなく、ミスの削減や従業員満足度の向上にも繋がります。

ステップ1：事前の準備と従業員への的確なアナウンス方法

年末調整業務の効率化は、実際の作業が始まる前の「事前準備」の段階から始まっています。この段階での取り組みが、後の工程のスムーズさを大きく左右します。

まず、本格的な年末調整シーズンが始まる前の9月～10月頃から計画を立て始めることが重要です。 前年度の年末調整業務を振り返り、時間がかかった点、ミスが多かった点、従業員からの問い合わせが多かった点などを洗い出し、今年度の改善点を明確にします。また、国税庁のウェブサイトなどで最新の税制改正情報を確認し、申告書の様式変更や新たな控除制度の有無などを把握しておきます。  

次に、全従業員に対して、年末調整の意義、おおまかなスケジュール、提出が必要な書類、社内での提出期限、そして今年度の主な変更点などを、できるだけ早い段階で、かつ明確にアナウンスします。 アナウンスは、メールだけでなく、社内掲示板や朝礼など、複数のチャネルを活用すると効果的です。対象者別に必要な書類をリスト化して配布したり、前年の書類を参考にしながら変更点を具体的に伝えたりすることも、従業員の理解を助け、後の問い合わせを減らすことに繋がります。  

年末調整説明会の開催と資料配布のコツ

特に新入社員が多い場合や、2025年のように税制改正が大きい年には、従業員向けの年末調整説明会を開催することが非常に有効です。  

説明会の目的と内容： 説明会の主な目的は、年末調整の全体像を理解してもらい、申告書の正確な記入を促し、よくある間違いを未然に防ぐことです。内容は、今年度の主な変更点（特に2025年の各種控除制度の改正や定額減税の取り扱いなど）、各申告書の具体的な書き方（記入例を用いて）、扶養控除や保険料控除などの注意点、提出期限などを網羅します。

資料配布のコツ： 配布資料は、文字だけでなく図解や実際の申告書の記入例を多く盛り込み、視覚的に分かりやすいものにすることが重要です。専門用語は避け、平易な言葉で解説します。よくある質問とその回答（FAQ）を事前にまとめて資料に含めておくと、従業員が後で参照しやすくなります。説明会の資料は、社内イントラネットなどで電子的に共有し、いつでも閲覧できるようにしておくと、欠席者へのフォローや後日の確認にも役立ちます。

開催方法： 対面形式だけでなく、オンライン形式での開催も検討できます。いずれの場合も、質疑応答の時間を十分に確保し、従業員が疑問点をその場で解消できるように配慮することが大切です。説明会を録画しておけば、後から見返すことも可能になります。

このような説明会と質の高い資料は、従業員の不安を軽減し、提出される申告書の精度を高めるため、結果として人事・労務担当者のチェック作業の負担軽減に繋がります。

従業員からのよくある質問とFAQの準備

年末調整の時期には、従業員から多くの質問が寄せられることが予想されます。これらの質問に個別に対応するのは、人事・労務担当者にとって大きな負担となります。そこで、事前に「よくある質問（FAQ）」を作成し、従業員に共有することが業務効率化に繋がります。  

FAQの共有方法と更新

作成したFAQは、社内イントラネット、共有フォルダ、メールなどで全従業員に周知します。年末調整に関するアナウンス資料や説明会資料にもFAQへのリンクを記載しておくと効果的です。FAQは一度作成したら終わりではなく、毎年の法改正や制度変更、新たに従業員から寄せられた質問などを踏まえて、定期的に内容を見直し、更新していくことが重要です。

充実したFAQは、従業員が自己解決できる範囲を広げ、人事・労務担当者への問い合わせ件数を大幅に削減し、担当者がより重要な業務に集中できる環境を作る上で非常に有効なツールとなります。

ステップ2：書類回収・チェック業務の効率的な進め方

年末調整業務の中で、特に時間と手間がかかるのが、従業員からの申告書類の回収と、その内容チェックです。このステップをいかに効率的に進めるかが、全体の業務負担を左右します。

まず、書類の提出期限を厳守してもらうための工夫が必要です。社内での提出期限を明確に設定し、期限が近づいてきたら未提出者に対して複数回リマインドメールを送るなどの措置を講じます。 回収方法も、単に担当者のデスクに提出するだけでなく、部署ごとにまとめて回収担当者を決めたり、可能であればオンライン提出システムを活用したりすることも検討できます。  

回収した書類は、速やかに一次チェックを行います。この一次チェックを行う担当者を事前に明確にしておくことで、作業の遅延や重複を防ぎます。

回収状況の見える化と未提出者へのリマインド

年末調整の申告書類を効率的に回収するためには、誰がどの書類をいつ提出したのか、また未提出者は誰なのか、といった回収状況を「見える化」することが非常に重要です。

回収管理表の作成・共有

Excelやスプレッドシート、あるいは専用の年末調整システムなどを活用して、従業員ごとの書類提出状況（例：扶養控除等申告書、保険料控除申告書、各種証明書の提出有無など）を一覧で管理できる「回収管理表」を作成します。この管理表は、関係者間で共有できるようにしておくと、進捗状況の把握が容易になります。

未提出者への個別フォローアップと段階的リマインド

社内提出期限を過ぎても未提出の従業員に対しては、個別にかつ段階的にリマインドを行います。  

リマインドは、単に提出を促すだけでなく、従業員が提出できない背景にある問題（書類の紛失、記入方法の不明点など）を早期に発見し、解決に繋げる機会ともなります。見える化された回収状況に基づいて、計画的かつ丁寧なフォローアップを行うことが、スムーズな書類回収の鍵です。

チェックリストの活用とダブルチェック体制

回収した申告書類の内容を正確にチェックすることは、年末調整のミスを防ぐ上で最も重要な工程の一つです。このチェック作業の精度と効率を上げるためには、チェックリストの活用とダブルチェック体制の導入が効果的です。

項目別チェックリストの作成と活用： 「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」「給与所得者の保険料控除申告書」「給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書」など、主要な申告書ごとに、確認すべき具体的なポイントを網羅したチェックリストを作成します。 チェックリストには、以下のような項目を含めます。

担当者はこのチェックリストに基づいて一つ一つ確認作業を行うことで、見落としを防ぎ、均質なチェックレベルを保つことができます。

ダブルチェック体制の構築： ヒューマンエラーを完全に防ぐことは難しいため、一人の担当者による一次チェックの後、可能であれば別の担当者が再度チェックを行う「ダブルチェック体制」を導入することが推奨されます。 特に、扶養人数の多い従業員や、住宅ローン控除など控除額が大きい複雑なケースについては、重点的にダブルチェックを行うと効果的です。 中小企業で人員が限られている場合でも、例えば経理担当者と人事担当者が相互にチェックし合うなど、工夫次第でダブルチェック体制を構築することは可能です。  

チェックリストとダブルチェック体制は、手間がかかるように感じるかもしれませんが、これらを導入することで、後工程での手戻りや、最悪の場合の税務署からの指摘リスクを大幅に軽減できます。結果として、年末調整業務全体の効率化と品質向上に繋がる重要な取り組みです。

ステップ3：年末調整関連ソフト・ツールの活用

年末調整業務の効率化において、ITツールの活用は非常に有効な手段です。特に近年は、クラウド型の年末調整システムや、年末調整機能を備えた給与計算ソフトが多数提供されており、中小企業でも導入しやすくなっています。  

適切なソフト・ツールを選定し活用することで、年末調整業務の大部分を自動化・効率化し、担当者はより戦略的な業務に時間を割くことが可能になります。

クラウド型年末調整システムのメリット・デメリット

クラウド型の年末調整システムは、近年のペーパーレス化や働き方改革の流れの中で、多くの企業で導入が進んでいます。その主なメリットとデメリットは以下の通りです。

これらのメリット・デメリットを総合的に比較検討し、自社の状況やニーズに最も適したクラウド型年末調整システムを選定することが、導入成功の鍵となります。

給与計算ソフトとの連携でさらに効率アップ

年末調整業務の効率を飛躍的に高めるためには、年末調整システム（または年末調整機能）と給与計算ソフトとのスムーズなデータ連携が非常に重要です。  

給与計算ソフトと年末調整システムが一体型になっている製品を選ぶか、あるいはAPI連携などでシームレスにデータ連携できる製品を選ぶことが、最大限の効率化効果を得るためのポイントです。導入を検討する際には、この連携機能の有無や質を必ず確認しましょう。

年末調整、自社で対応？専門家（社労士・税理士）に依頼？メリット・デメリットを徹底比較

年末調整は、企業にとって避けて通れない重要な業務ですが、その対応方法にはいくつかの選択肢があります。自社で全ての業務を行うのか、それとも専門家である社労士や税理士に一部または全部を依頼するのか。ここでは、それぞれのメリット・デメリットを比較し、中小企業がどのような基準で判断すべきかについて解説します。この判断は、単にコストの問題だけでなく、業務の正確性、担当者の負担、そして何よりも法改正への適切な対応といったリスク管理の観点からも重要です。

自社で年末調整を行う場合のメリット・デメリット

年末調整業務を完全に自社内で行う場合、以下のようなメリットとデメリットが考えられます。

自社で対応するかどうかは、これらのメリット・デメリットを総合的に比較し、自社の規模、担当者のスキル、業務量、そして許容できるリスクレベルを考慮して判断することが重要です。

社労士に年末調整関連業務を依頼するメリット

年末調整の業務は、税務申告という側面が強いため、税額計算や税務署への申告書類作成・提出といった中核業務は税理士の専門分野です。しかし、社会保険労務士（社労士）も、年末調整に関連する様々な側面で企業をサポートし、業務の適正化と効率化に貢献できます。社労士に年末調整「関連業務」を依頼する主なメリットは以下の通りです。

法改正への確実な対応と専門的アドバイス

社労士は労働法規や社会保険制度の専門家であり、これらの法改正が年末調整に与える影響（例えば、社会保険料控除の正しい理解、育児休業中の従業員の取り扱い、マイナンバーの適切な管理など）について的確なアドバイスを提供できます。 また、税制改正が賃金規程や手当に与える影響など、労務管理全般の視点からの助言も期待できます。これにより、企業は法改正に適切に対応し、コンプライアンスを確保することができます。  

業務負担の軽減とコア業務への集中

社労士に年末調整の準備段階のサポート（例：従業員向け説明資料の作成支援、必要書類の整理方法のアドバイス）や、関連する労務相談、プロセスの見直しなどを依頼することで、人事・労務担当者の直接的な作業負担や、制度理解にかかる時間を軽減できます。 これにより、担当者は年末調整の繁忙期であっても、採用活動や人事評価、労務トラブル対応といった、より戦略的なコア業務に集中できるようになります。  

ミス防止とコンプライアンス体制の強化

社労士は、年末調整に必要な従業員情報の収集・管理プロセス（特にマイナンバーの取り扱いなど）が、個人情報保護法や関連法規に準拠しているかといった観点からアドバイスを行うことができます。また、扶養控除等申告書の内容確認における労務的な注意点（例：扶養家族の社会保険加入状況の確認など）を指導することで、間接的にミスを防止し、企業全体のコンプライアンス体制の強化に貢献します。  

社労士は、税理士とは異なる専門性を活かし、年末調整業務を円滑に進めるための基盤づくりや、関連する労務管理上の課題解決をサポートする存在と言えるでしょう。

社労士に年末調整関連業務を依頼する際の費用感

社労士に年末調整関連のサポート業務を依頼する際には、費用感について理解しておくことが重要です。

費用感： 社労士に年末調整関連業務を依頼する場合の費用は、依頼する業務内容、企業の従業員規模、社労士事務所の方針などによって大きく異なります。一般的に、以下のような料金体系が考えられます。

具体的な費用については、複数の社労士事務所に見積もりを依頼し、サービス内容と費用を比較検討することをお勧めします。例えば、従業員向け説明会の講師を依頼する場合は数万円～、年末調整プロセスの設計支援コンサルティングの場合は数十万円～といったケースが考えられますが、あくまで目安です。  

社労士への年末調整関連業務委託 費用目安（サポート業務の場合）

サービス内容例	費用目安（スポット契約の場合）	備考
年末調整プロセスに関する相談・アドバイス	1回あたり ¥10,000 ～ ¥50,000	相談時間や内容の複雑さによる
従業員向け年末調整説明会の企画・講師	¥50,000 ～ ¥150,000	参加人数、資料作成の有無、開催時間による
年末調整関連の社内規程・マニュアル作成支援	¥100,000 ～	作成する規程・マニュアルの範囲やボリュームによる
マイナンバーの適正な取り扱いに関する指導・監査	¥50,000 ～	企業の規模や現状の管理体制による

上記はあくまで一般的な目安であり、個別の状況によって費用は変動します。

年末調整に関するよくあるご質問（Q&A）

年末調整に関しては、毎年多くのご質問が寄せられます。ここでは、特に中小企業の経営者様や人事・労務担当者様からよくいただくご質問とその回答をまとめました。

Q1. 年末調整を忘れた・間違えた場合、どうすればいいですか？

A1. 年末調整の申告を忘れたり、内容を間違えたりした場合の対処法は、状況によって異なります。

いずれの場合も、放置せずに速やかに正しい手続きを行うことが重要です。

Q2. 副業をしている従業員の年末調整はどうなりますか？

A2. 副業をしている従業員の年末調整は、原則として「主たる給与」の支払者である1社（通常は最も給与収入が多い勤務先）でのみ行います。 従業員は、主たる給与の支払者に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出し、年末調整を受けます。  

従たる給与（副業先からの給与）については、通常、年末調整の対象とはなりません。そのため、多くのケースでは、主たる給与と従たる給与の収入を合算し、従業員本人が確定申告を行う必要があります。  

ただし、副業の所得（給与所得および退職所得以外の所得）が年間20万円以下であるなど、一定の条件を満たす場合には確定申告が不要となることもあります。 しかし、この場合でも住民税の申告は別途必要になる点に注意が必要です。  

企業としては、副業をしている従業員に対して、年末調整の基本的なルールを説明し、必要に応じて確定申告を行うよう促すことが大切です。

Q3. 医療費控除やふるさと納税は年末調整でできますか？

A3. 医療費控除とふるさと納税（寄付金控除）は、どちらも年末調整では手続きできません。これらの控除を受けるためには、従業員本人が確定申告を行う必要があります。

 

企業の人事・労務担当者としては、これらの控除は年末調整では扱えないことを従業員に伝え、必要な場合は確定申告を行うよう案内することが求められます。

Q4. 産休・育休中の従業員の年末調整は必要ですか？

A4. はい、産前産後休業（産休）や育児休業（育休）中の従業員であっても、その年の12月31日時点で会社に在籍していれば、原則として年末調整の対象となります。  

パターン	詳細
その年に給与収入がある場合	産休・育休に入る前に給与収入があったり、休業中に一部給与が支払われたりした場合は、その収入に基づいて通常通り年末調整を行います。
社会保険料の控除	産休・育休期間中は社会保険料が免除されることが多いですが、免除される前に支払った社会保険料や、休業中に従業員自身が任意継続などで支払った国民健康保険料・国民年金保険料などは、本人の申告に基づき社会保険料控除の対象となります。
その他の控除	生命保険料控除、地震保険料控除、iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金なども、従業員が支払っていれば控除の対象として申告できます。
非課税所得の扱い	産休・育休中に受け取る出産手当金、出産育児一時金、育児休業給付金などは非課税所得ですので、年末調整の計算には含めません。
配偶者控除・配偶者特別控除	産休・育休中の従業員本人の所得が大幅に減少した結果、その配偶者が年末調整で配偶者控除や配偶者特別控除を受けられるようになる場合があります。この場合は、配偶者の勤務先で手続きが必要です。

 企業としては、産休・育休中の従業員にも年末調整の案内を行い、申告書類の提出を促す必要があります。連絡が取りにくい場合もあるため、早めの対応が肝心です。

Q5. 年末調整の書類はいつまで保管が必要ですか？

A5. 年末調整に関連する書類の保管期間は、法律で定められています。

企業は、法定保存期間を守り、これらの重要書類を適切に管理する体制を整える必要があります。紙媒体での保管だけでなく、一定の要件を満たせば電子データでの保存も認められています。

まとめ

年末調整は、毎年の法改正への対応や煩雑な事務手続きが求められる、企業にとって非常に重要な業務です。特に2025年（令和7年）の年末調整では、定額減税の調整や各種控除制度の改正など、経営者様や人事・労務担当者様が押さえておくべきポイントが多数あります。

本記事で解説した基礎知識、最新情報、中小企業特有の注意点や効率化のステップが、皆様の年末調整業務の一助となれば幸いです。正確な知識と計画的な準備が、ミスのないスムーズな年末調整を実現し、企業の信頼を守ることに繋がります。 もし、年末調整に関する具体的なお悩みや、日々の労務管理に関する課題、業務負担の軽減について専門家のアドバイスが必要でしたら、どうぞご遠慮なくご相談ください。

社労士事務所altruloop（アルトゥルループ）では、全国対応・初回相談無料でご相談を承っております。人事労務に関するお悩みはお問い合わせよりお気軽にご相談ください。